IMBEWU a été créé le 20 octobre 2001 en tant qu’organisation à but non-lucratif sur la base de l’article 60 du Code Civile Suisse. L’association est dirigée par un comité exécutif qui délègue la gestion des projets au bureau de coordination basé à Neuchâtel. Ces deux entités se rencontrent chaque mois afin d’échanger, d’évaluer et de collaborer à la gestion des projets. L’ensemble de la structure est également soutenu par l’aide considérable de nombreux bénévoles impliqués au sein l’organisation et de son fonctionnement.
À noter également qu’IMBEWU est l'un des membres fondateurs de Latitude 21, la Fédération neuchâteloise de coopération. Cette dernière regroupe à ce jour 18 associations et permet à IMBEWU de renforcer la promotion des échanges culturels et des campagnes de sensibilisation.